Materi Tentang Jamur dan Virus

Jamur Roti (Rhizopus nigricans)
Jika roti lembab disimpan di tempat yang hangat dan gelap, beberapa hari kemudian akan tampak jamur tumbuh diatasnya. Spora yang berkecambah pada permukaan roti akan membentuk massa yang bercabang, berwarna perak dengan hifa tidak bersekat. Dalam beberapa hari, miselium akan menutupi permukaan roti dari rhizoidnya menembus kedalam roti.

Gambar 1.1: Perkembangan jamur dalam Roti
Rhizoid menyekresikan enzim pencernaan yang bekerja menguraikan gula dan tepung yang berada dalam roti. Gula dan tepung tersebut kemudian diserap oleh rhizoid kedalam hifa. Pada roti akan terjadi perubahan warna, bau, dan rasa yang ditimbulkan oleh jamur yang disebabkan terjadinya perubahan senyawa kimia hasil aktivitas enzim.
Pada roti akan tumbuh bulatan hitam yang disebut sporangium yang dapat menghasilkan sekitar 50.000 spora. Sporangium dibentuk pada ujung sporangiofor. Jika sporangium matang, dinding pelindung yang tipis pecah dan spora tersebar. Spoa tersebut disebut spora aseksual dan reproduksi yang terjadi adalah secara aseksual. Reproduksi seksual terjadi juga didalam jamur roti dengan cara konjugasi.

Gambar 1.2: reproduksi Seksual

Secara garis besar tahap tahap konjugasi adalah sebagai berikut:
a.Hifa yang kelihatannya serupa memiliki sifat fisiologis yang berbeda dan biasanya diberi tanda positi (+) dan negatif (-). Hifa tidak dapat dibedakan menjadi hifa jantan dan hifa betina. Hifa yang bermuatan positif dan negatif tersebut bercabang pendek dan dinamakan gametangium.
b.Gametangium positif (+) bersinggungan dengan gametangium negatif (-).
c.Terjadi peleburan antara kedua gametangia sehingga terbentuk zigosporangium yang diploid(2n).
d.Ukuran zigosporangium bertambah besar dan kemudian memasuki masa dormansi.
e.Setelah beberapa bulan, jika kondisi lingkungan cukup baik, zigosporangium berkecambah. Kemudian, membentuk sporangium untuk menghasilkan spora seksual. Pembentukan spora tersebut terjadi secara meiosis.
f.Spora tersebar, jika jatuh di tempat yang sesuai akan tumbuh dan berkembang menjadi hifa (individu baru).


Jamur Tempe (Rhizopus stolonifer)
Rhizopus stolonifer digunakan dalam pembuatan tempe. Reproduksi Rhizopus stolonifer dapat terjadi secara seksual dan aseksual. Berikut ini merupakan daur reproduksi Rhizopus stolonifer secara seksual dan aseksula.

Gambar: daur reproduksi seksual dan aseksual Rhizopus stolonifer
Seperti pada jamur roti, reproduksi seksual pada jamur tempe pun dapat terjadi secara konjugasi. Gametangium yang posotif (+) bersinggungan dengan gametongium yang negatif (-). Terjadi fertilisasi, sehingga terbentuklah zigot. Selanjutnya zigospora tumbuh menjadi zigospora yang memiliki dinding tebal. Setelah mengalami pembelahan meiosis, zigospora bergerminasi dan tumbuh menjadi jamur.
Reproduksi aseksual terjadi saat sporangium yang berisi spora dengan inti bersifat mitotik. Jiks dinding sporangium pecah, dan spora jatuh ditempat yang sesuai, spora bergeminasi menjadi jamur.




















Jamur kuping (Auricularia auricula)


Jamur kuping (Auricularia auricula) merupakan salah satu kelompok jelly fungi yang masuk ke dalam kelas Basidiomycota dan mempunyai tekstur jelly yang unik.[1] Fungi yang masuk ke dalam kelas ini umumnya makroskopis atau mudah dilihat dengan mata telanjang.[2] Miseliumnya bersekat dan dapat dibedakan menjadi dua macam yaitu: miselium primer (miselium yang sel-selnya berinti satu, umumnya berasal dari perkembangan basidiospora) dan miselium sekunder (miselium yang sel penyusunnya berinti dua, miselium ini merupakan hasil konjugasi dua miselium primer atau persatuan dua basidiospora).[2] Auricularia auricula umumnya kita kenal sebagai jamur kuping.[3] Jamur ini disebut jamur kuping karena bentuk tubuh buahnya melebar seperti daun telinga manusia (kuping).[3]
Karakteristik
Karakteristik dari jamur kuping ini adalah memiliki tubuh buah yang kenyal (mirip gelatin) jika dalam keadaan segar.[4] Namun, pada keadaan kering, tubuh buah dari jamur kuping ini akan menjadi keras seperti tulang.[4] Bagian tubuh buah dari jamur kuping berbentuk seperti mangkuk atau kadang dengan cuping seperti kuping, memiliki diameter 2-15 cm, tipis berdaging, dan kenyal.[4]
Warna tubuh buah jamur ini pada umumnya hitam atau coklat kehitaman akan tetapi adapula yang memiliki warna coklat tua.[2] Jenis jamur kuping yang paling memiliki nilai bisnis yang tinggi adalah yang memiliki warna coklat pada bagian atas tubuh buah dan warna hitam pada bagian bawah tubuh buah, serta ukuran tubuh buah kecil.[4] Jamur kuping merupakan salah satu jamur konsumsi yang umum dikeringkan terlebih dahulu, kemudian direndam dengan air dalam waktu relatif singkat sehingga jamur ini akan kembali seperti bentuk dan ukuran segarnya.[4]
Siklus hidup
Cara reproduksi vegetatif dari jamur kuping adalah dengan membentuk tunas, dengan konidia, dan fragmentasi miselium. Sedangkan, reproduksi generatif jamur kuping adalah dengan menggunakan alat yang disebut basidium, basidium berkumpul dalam badan yang disebut basidiokarp, yang selanjutnya menghasilkan spora yang disebut basidiospora.[5]
Siklus hidup pada jamur kuping hampir serupa dengan siklus hidup pada jamur tiram dan shiitake yaitu tubuh buah yang sudah tua akan menghasilkan spora yang berbentuk kecil, ringan, dan jumlahnya banyak. Apabila spora tersebut jatuh pada kondisi dan tempat yang sesuai dengan persyaratan hidupnya (misalnya di kayu mati atau bahan yang mengandung selulosa dan dalam kondisi yang lembap) maka spora tersebut akan berkecambah dan membentuk miselium melalui beberapa fase. Pada fase pertama, miselium primer yang tumbuh akan terus menjadi banyak dan meluas. Selanjutnya akan berkembang menjadi miselium sekunder yang membentuk primordial (penebalan miselium pada bagian permukaan miselium sekunder dengan diameter sekitar 0.1 cm). Dari primordial akan tumbuh dan terbentuk kuncup tubuh buah (pada tingkat awal) yang semakin lama akan semakin membesar (kurang lebih 3-5 hari). Kemudian, dari primordial akan tumbuh tubuh buah jamur yang bentuknya lebar, yang pada saat tua dapat dipanen.
Kandungan gizi
Kandungan nutrisi jamur kuping sendiri terdiri kadar air, protein, lemak, karbohidrat, serat, abu dan nilai energi sebesar 351 kal.[6] Kandungan lemak di dalam jamur, lebih dari 72% lemak dalam jamur ini termasuk unsaturated sehingga aman dan sehat jika dimakan. Vitamin di dalam jamur ini sendiri terdiri atas thiamine (vit. B-1), riboflavin (vit. B-2), niasin, biotin, vitamin C, dan sebagainya.[6] Sedangkan, kandungan mineral jamur ini tersusun oleh K, P, Ca, Na, Mg, Cu, dan beberapa elemen mikro lainnya. Kandungan serat di dalam jamur berkisar antara 7,4-27,6%.[6]
Kandungan nutrisi yang terdapat pada jamur kuping per 100 g yaitu air 14.8 g, energi 284 kkal, protein 9.25 g, lemak 0.73 g, karbohidrat 73 g, serat 70.1 g, ampas 2.21 g. Pada jamur kuping terdapat pula berbagai macam vitamin dan mineral. Jenis vitamin yang ada dalam jamur kuping ialah thiamin 0.015 mg, riboflavin 0.844 mg, niacin 6.267 mg, asam pantotenat 0.481 mg, vitamin B6 0.112 mg, dan folat 38 mcg. Sementara itu, mineral yang terkandung dalam jamur kuping ialah kalsium 159 mg, besi 5.88 mg, magnesium 83 mg, fosfor 184 mg, kalium 754 mg, natrium 35 mg, seng 1.32 mg, tembaga 0.183 mg, mangan 1.951 mg, dan selenium 128 mcg.
Manfaat
Jamur kuping memiliki banyak manfaat kesehatan, di antaranya untuk mengurangi penyakit panas dalam dan rasa sakit pada kulit akibat luka bakar. Bila jamur kuping dipanaskan maka lendir yang dihasilkannya memiliki khasiat sebagai penangkal (menonaktifkan) zat-zat racun yang terbawa dalam makanan, baik dalam bentuk racun nabati, racun residu pestisida, maupun racun berbentuk logam berat. Kandungan senyawa yang terdapat dalam lendir jamur kuping juga efektif untuk menghambat pertumbuhan karsinoma dan sarkoma (sel kanker) hingga 80-90% serta berfungsi sebagai zat anti koagulan (mencegah dan menghambat proses penggumpalan darah). Manfaat lain dari jamur kuping dalam kesehatan ialah untuk mengatasi penyakit darah tinggi (hipertensi), pengerasan pembuluh darah akibat penggumpalan darah, kekurangan darah (anemia), mengobati penyakit wasir (ambeien), dan memperlancar proses buang air besar.
Jamur kuping juga telah dijadikan sebagai bahan berbagai masakan seperti sayur kimlo, nasi goreng jamur, tauco jamur, sukiyaki, dan bakmi jamur dengan rasa yang lezat dan tekstur lunak yang terasa segar dan kering.[3]
Jamur kuping sering digunakan sebagai campuran sup ini memiliki rasa yang cukup lezat.[7] Tak heran menjadi jenis makanan yang digemari semua usia. Terlepas dari itu, jamur kuping sudah dikenal secara luas sebagai bahan makanan yang memiliki khasiat sebagai obat dan penawar racun.[7] Manfaat jamur kuping ini telah diketahui sejak ratusan tahun lalu oleh bangsa Tionghoa.[7] Lendir yang dihasilkan jamur kuping selama dimasak dapat menjadi pengental.[7] Lendir jamur kuping dapat menonaktifkan atau menetralkan kolesterol.[7]
Jamur kuping dapat dibedakan berdasarkan bentuk, ketebalan, dan warnanya.[8] Jamur kuping ang mempunyai bentuk tubuh buah kecil (sering disebut jamur kuping tikus) digemari oleh konsumen karena waranya lebih muda, dan rasanya sesuai dengan selera.[9] Jamur kuping yang tubuh buahnya melebar (jamur kuping gajah) rasanya sedikit kenyal atau alot sehingga kurang disenangi karena harus diiris kecil-kecil bila akan dimasak.[9] Jamur kuping selain untuk ramuan makanan juga unuk pengobatan yaitu untuk mengurangi panas dalam, dan juga mengurangi rasa sakit pada kulit akibat luka bakar.[9][8]
Sedangkan, jika jamur kuping dipanaskan maka lendir yang dihasilkan memiliki khasiat antara lain[6] :
• Penangkal / penonaktif racun baik dalam bentuk racun nabati, racun residu pestisida, bakhan sampai ke racun berbentuk logam berat. Hampir semua ramuan masakan Cina, jamur kuping selalu ditambahkan untuk tujuan menonaktifkan racun yang terbawa dalam makanan.
• Kandungan senyawa dalam lendir jamur kuping, efektif untuk menghambat pertumbuhan carcinoma dan sarcoma (kanker) sampai 80 – 90%. Berfungsi juga untuk antikoagulan.
• Lendir jamur kuping dapat meghambat dan mencegah penggumpalan darah.
• Dapat menormalkan tekanan darah, menurunkan kolesterol, meningkatkan kekebalan tubuh, menguatkan syaraf, dapat mengurangi stress, berfungsi sebagai antioksidan, dan juga antitumor.








Jamur Pada Kotoran Sapi
Apa itu Jamur taik kerbau? Jamur ini merupakan satu jenis jamur yang bisa bikin orang dalam kondisi trence, biasa di sebut juga sebagai jamur penghayal (hallucinogenic mushroom)
Jamur ini berasal dari trah Jamur tryptamine, yang berarti mengandung zat psylocibine atau zat sejenis alkaloid (nitrogen yang ditemukan di alam).

Psilocybe/psylocibine: berasal dari bahasa yunani psilos dan kube yang berarti kepala gundul. Dimana dapat terlihat dari tampilan eksotis berbagai jamur ini yang berpayung gundul di sertai motif polka dot di sekelilingnya.


Psilocybin dan temannya psilocin keduanya mengandung alkaloid. Patut digaris bawahi, pada sekitar pertengahan 70-an di Amerika dengan Green Peace-nya yang mengumandangkan era kebebasan berekspresi ala psychedelic, telah menyepakati penggunaan akhiran –ine pada berbagai jenis psikotropika yang mengandung zat alkaloid, contohnya morphine, heroine, caffeine, amphetamine. Psilocybin dan psilocin pun ‘seharusnya’ juga di beri nama psilocibine dan psilocine, namun sampai saat ini belum lo, entah kenapa.

Jamur Penghayal (hallucinogenic mushroom) sendiri di tengarai sudah eksis dari jaman baheula, dan digunakan seiring perkembangan kebudayaan dan spiritual manusia.
Dalam sebuah penelitian misalnya, di sebuah goa tepatnya di sahara, gambar jamur penghayal terpampang di dinding goa tersebut. Sedangkan penelitian lain menemukan bahwa para dukun di Siberia diketahui menggunakan salah satu jenis dari jamur penghayal sebagai media untuk membuka pintu masuk ke dunia maya yang menghubungkan mereka dengan sang pencipta (You know what, it’s Grazy you know!).
Singkat definisi mengenai Cow shit mushroom as known as Jamur taik kerbau merupakan sejenis jamur yang tumbuh dan hidup diatas permukaan kotoran hewan pemamah biak macam sapi, kerbau, dan lain sejenisnya (gatau kalo kambing, belom pernah denger jamur taik kambing). Seperti juga jenis jamur Psilocybin lainnya yang berkepala gundul dan bermotif polkadot, jamur taik kerbau ini warnanya putih dan berbau tajam, sama persis bau nya dengan tempat tinggal mereka. Taik kebo.
Dan perlu diketahui “actually the death ‘shrooms generally don’t grow in cow pies. It’s pretty easy to tell what’s what. Just make sure they all bruise blue”, akan tetapi jangan gegabah dengan langsung memakannya mentah-mentah, karena di tengarai ada beberapa jamur dan parasit lain yang ikut tumbuh di jamur taik kerbau ini, dan di duga mengandung racun yang diindikasikan dapat mematikan. Cuci dan masak lah terlebih dahulu, baru di campur ke bahan makanan yang telah di sediakan sebagai penambah nafsu makan, met berwisata kuliner sob. Enjoy it!


Jamurnya diambil dari kotoran kerbau yang udah kering banget. Tumbuhnya ga mesti, emang jarang dan susah banget ketemunya kalo ga musim kemarau panjang, itupun juga kalau jamurnya ada. Jamur ini nggak beracun (selama ini siih.., ga tau besok2 hi..hi), hanya bikin kita menjadi ‘sesuatu’… mungkin istilahnya aja kita pake ‘bikin teler’ tapi benernya nggak juga, pokoknya ‘sesuatu’ yang aneh dan ya mantaf…




Dari pengalaman teman yang telah mencicipi, jamur ini waktu itu disajikan dengan telur
dimasak seperti omlet lalu dimakan seperti biasa. tak lama setelah makan, efek nya lebih dari ganja.katanya efek 10 kali lipat dari ganja liat muka orang ga tau kenapa mau ketawa aja.














Jamur merang (Volvariella volvacea)

Jamur merang (Volvariella volvacea, sinonim: Volvaria volvacea, Agaricus volvaceus, Amanita virgata atau Vaginata virgata) atau kulat jumpung dalam bahasa Aceh adalah salah satu spesies jamur pangan yang banyak dibudidayakan di Asia Timur dan Asia Tenggara yang beriklim tropis atau subtropis. Sebutan jamur merang berasal dari bahasa Tionghoa cǎogū (Hanzi:草菇).
Deskripsi
Tubuh buah yang masih muda berbentuk bulat telur, berwarna cokelat gelap hingga abu-abu dan dilindungi selubung. Pada tubuh buah jamur merang dewasa, tudung berkembang seperti cawan berwarna coklat tua keabu-abuan dengan bagian batang berwarna coklat muda. Jamur merang yang dijual untuk keperluan konsumsi adalah tubuh buah yang masih muda yang tudungnya belum berkembang.
Jamur merang dibudidayakan di dalam bangunan yang disebut kumbung. Sesuai namanya jamur ini tumbuh baik pada media merang dan jerami yang telah terkomposkan. Namun praktik budidaya lebih lanjut juga mendapati jamur ini tumbuh baik pada kompos sampah kertas, tandan kosong sawit, kompos batang pisang dan kompos bio massa pada umumnya. Menurut penelitian, limbah kapas adalah media yang memberikan hasil produksi dan pertumbuhan yang terbaik bagi jamur merang. Jamur merang dikenal sebagai warm mushroom, hidup dan mampu bertahan pada suhu yang relatif tinggi, antara 30-38 °C dengan suhu optimum pada 35 °C.
Manfaat
Budidaya jamur ini tidak sulit. Panen dilakukan terhadap tubuh buah yang belum sepenuhnya berkembang (masih kuncup), meskipun tubuh buah yang telah membuka payungnya pun masih bisa dikonsumsi walaupun harnga jualnya menurun.
Jamur merang mempunyai rasa enak, gurih, dan tidak mudah berubah wujudnya jika dimasak, sehingga digunakan untuk berbagai macam masakan, seperti mi ayam jamur, tumis jamur, pepes jamur, sup dan capcay.
Sentra produksi jamur merang di Indonesia terdapat di Dataran Tinggi Dieng. Di negara-negara Asia yang membudidayakannya, jamur merang dijual dalam bentuk segar. Di daerah beriklim sejuk hanya tersedia jamur merang kalengan.
Kandungan protein jamur cukup tinggi, dalam 100 gr jamur segar terkandung sekitar 3,2 gr protein, jumlah ini akan bertambah menjadi 16 gr jika jamur berada dalam keadaan kering. Selain itu, jamur juga memiliki kandungan kalsium dan fosfor cukup tinggi, 51 mg dan 223 mg, dan mengandung 105 kj kalori, dengan kandungan lemak rendah, 0,9 gr.
Pemilihan spora dan miselium jamur merang yang tepat, akan menghasilkan jamur merang yang berukuran raksasa/jumbo (lebih besar daripada Jamur merang lainnya), seperti yang dihasilkan oleh Erlita susi S.P dan Soesiadi dari Ds jatiroto, lumajang, Jawa timur.




JAMUR

Kita telah mengenal jamur dalam kehidupan sehari-hari meskipun tidak sebaik tumbuhan lainnya. Hal itu disebabkan karena jamur hanya tumbuh pada waktu tertentu, pada kondisi tertentu yang mendukung, dan lama hidupnya terbatas. Sebagai contoh, jamur banyak muncul pada musim hujan di kayu-kayu lapuk, serasah, maupun tumpukan jerami. namun, jamur ini segera mati setelah musim kemarau tiba. Seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, manusia telah mampu membudidayakan jamur dalam medium buatan, misalnya jamur merang, jamur tiram, dan jamur kuping.
CIRI-CIRI UMUM JAMUR
Jamur merupakan kelompok organisme eukariotik (memiliki dinding sel) yang membentuk dunia jamur atau regnum fungi. Jamur pada umumnya multiseluler (bersel banyak). Ciri-ciri jamur berbeda dengan organisme lainnya dalam hal cara makan, struktur tubuh, pertumbuhan, dan reproduksinya.
1. Struktur Tubuh
Struktur tubuh jamur tergantung pada jenisnya. Ada jamur yang satu sel, misalnyo khamir, ada pula jamur yang multiseluler membentuk tubuh buah besar yang ukurannya mencapai satu meter, contohnyojamur kayu. Tubuh jamur tersusun dari komponen dasar yang disebut hifa. Hifa membentuk jaringan yang disebut miselium. Miselium menyusun jalinan-jalinan semu menjadi tubuh buah.
Gbr. Hifa yang membentuk miselium dan tubuh buah
Hifa adalah struktur menyerupai benang yang tersusun dari dinding berbentuk pipa. Dinding ini menyelubungi membran plasma dan sitoplasma hifa. Sitoplasmanya mengandung organel eukariotik.
Kebanyakan hifa dibatasi oleh dinding melintang atau septa. Septa mempunyai pori besar yang cukup untuk dilewati ribosom, mitokondria, dan kadangkala inti sel yang mengalir dari sel ke sel. Akan tetapi, adapula hifa yang tidak bersepta atau hifa senositik.
Struktur hifa senositik dihasilkan oleh pembelahan inti sel berkali-kali yang tidak diikuti dengan pembelahan sitoplasma. Hifa pada jamur yang bersifat parasit biasanya mengalami modifikasi menjadi haustoria yang merupakan organ penyerap makanan dari substrat; haustoria dapat menembus jaringan substrat.
2. Cara Makan dan Habitat Jamur
Semua jenis jamur bersifat heterotrof. Namun, berbeda dengan organisme lainnya, jamur tidak memangsa dan mencernakan makanan. Clntuk memperoleh makanan, jamur menyerap zat organik dari lingkungan melalui hifa dan miseliumnya, kemudian menyimpannya dalam bentuk glikogen. Oleh karena jamur merupakan konsumen maka jamur bergantung pada substrat yang menyediakan karbohidrat, protein, vitamin, dan senyawa kimia lainnya. Semua zat itu diperoleh dari lingkungannya. Sebagai makhluk heterotrof, jamur dapat bersifat parasit obligat, parasit fakultatif, atau saprofit. Lihat Gambar 5.3.
a. Parasit obligat merupakan sifat jamur yang hanya dapat hidup pada inangnya,
sedangkan di luar inangnya tidak dapat hidup. Misalnya, Pneumonia
carinii (khamir yang menginfeksi paru-paru penderita AIDS).
b. Parasit fakultatif adalah jamur yang bersifat parasit jika mendapatkan inang yang
sesuai, tetapi bersifat saprofit jika tidak mendapatkan inang yang
cocok.
c. Saprofit
merupakan jamur pelapuk dan pengubah susunan zat organik yang mati. Jamur saprofit menyerap makanannya dari organisme yang telah mati seperti kayu tumbang dan buah jatuh. Sebagian besar jamur saprofit mengeluar-kan enzim hidrolase pada substrat makanan untuk mendekomposisi molekul kompleks menjadi molekul sederhana sehinggamudah diserap oleh hifa. Selain itu, hifa dapat juga langsung menyerap bahanbahan organik dalam bentuk sederhana yang dikeluarkan oleh inangnya.
Cara hidup jamur lainnya adalah melakukan simbiosis mutualisme. Jamur yang hidup bersimbiosis, selain menyerap makanan dari organisme lain juga menghasilkan zat tertentu yang bermanfaat bagi simbionnya. Simbiosis mutualisme jamur dengan tanaman dapat dilihat pada mikoriza, yaitu jamur yang hidup di akar tanaman kacang-kacangan atau pada liken.
Jamur berhabitat pada bermacam-macam lingkungan dan berasosiasi dengan banyak organisme. Meskipun kebanyakan hidup di darat, beberapa jamur ada yang hidup di air dan berasosiasi dengan organisme air. Jamur yang hidup di air biasanya bersifat parasit atau saprofit, dan kebanyakan dari kelas Oomycetes.
3. Pertumbuhan dan Reproduksi
Reproduksi jamur dapat secara seksual (generatif) dan aseksual (vegetatif). Secara aseksual, jamur menghasilkan spora. Spora jamur berbeda-beda bentuk dan ukurannya dan biasanya uniseluler, tetapi adapula yang multiseluler. Apabila kondisi habitat sesuai, jamur memperbanyak diri dengan memproduksi sejumlah besar spora aseksual. Spora aseksual dapat terbawa air atau angin. Bila mendapatkan tempat yang cocok, maka spora akan berkecambah dan tumbuh menjadi jamur dewasa.
Reproduksi secara seksual pada jamur melalui kontak gametangium dan konjugasi. Kontak gametangium mengakibatkan terjadinya singami, yaitu persatuan sel dari dua individu. Singami terjadi dalam dua tahap, tahap pertama adalah plasmogami (peleburan sitoplasma) dan tahap kedua adalah kariogami (peleburan inti). Setelah plasmogami terjadi, inti sel dari masing-masing induk bersatu tetapi tidak melebur dan membentuk dikarion. Pasangan inti dalam sel dikarion atau miselium akan membelah dalam waktu beberapa bulan hingga beberapa tahun. Akhimya inti sel melebur membentuk sel diploid yang segera melakukan pembelahan meiosis.
4. Peranan Jamur
Peranan jamur dalam kehidupan manusia sangat banyak, baik peran yang merugikan maupun yang menguntungkan. Jamur yang menguntungkan meliputi berbagai jenis antara lain sebagai berikut.
a. Volvariella volvacea (jamur merang) berguna sebagai bahan pangan berprotein tinggi.
b. Rhizopus dan Mucor berguna dalam industri bahan makanan, yaitu dalam pembuatan tempe dan oncom.
c. Khamir Saccharomyces berguna sebagai fermentor dalam industri keju, roti, dan bir.
d. Penicillium notatum berguna sebagai penghasil antibiotik.
e. Higroporus dan Lycoperdon perlatum berguna sebagai dekomposer.
Di samping peranan yang menguntungkan, beberapa jamur juga mempunyai peranan yang merugikan, antara lain sebagai berikut.
a. Phytium sebagai hama bibit tanaman yang menyebabkan penyakit rebah semai.
b. Phythophthora inf'estan menyebabkan penyakit pada daun tanaman kentang.
c. Saprolegnia sebagai parasit pada tubuh organisme air.
d. Albugo merupakan parasit pada tanaman pertanian.
e. Pneumonia carinii menyebabkan penyakit pneumonia pada paru-paru manusia.
f. Candida sp. penyebab keputihan dan sariawan pada manusia.
Jamur merupakan tumbuhan yang tidak mempunyai klorofil sehingga bersifat heterotrof, tipe sel: sel eukarotik. Jamur ada yang uniseluler dan multiseluler. Tubuhnya terdiri dari benang-benang yang disebut hifa, hifa dapat membentuk anyaman bercabang-cabang yang disebut miselium. Reproduksi jamur, ada yang dengan cara vegetatif ada pula dengan cara generatif.
JAMUR DIBAGI MENJADI 6 DIVISI :
1 MYXOMYCOTINA (Jamur lendir)
• Myxomycotina merupakan jamur yang paling sederhana.
• Mempunyai 2 fase hidup, yaitu:
- fase vegetatif (fase lendir) yang dapat bergerak seperti amuba, disebut plasmodium
- fase tubuh buah
• Reproduksi : secara vegetatif dengan spora, yaitu spora kembara yang disebut myxoflagelata.
Contoh spesies : Physarum polycephalum
2 OOMYCOTINA
• Tubuhnya terdiri atas benang/hifa tidak bersekat, bercabang-cabang dan mengandung banyak inti.
• Reproduksi:
- Vegetatif : yang hidup di air dengan zoospora yang hidup di darat dengan sporangium dan konidia.
- Generatif : bersatunya gamet jantan dan betina membentuk oospora yang selanjutnya tumbuh menjadi individu baru.
Contoh spesies:
a. Saprolegnia sp. : hidup saprofit pada bangkai ikan, serangga darat maupun serangga air.
b. Phytophora infestans: penyebab penyakit busuk pada kentang.
3 ZYGOMYCOTINA
• Tubuh multiseluler.
• Habitat umumnya di darat sebagai saprofit.
• Hifa tidak bersekat.
• Reproduksi:
- Vegetatif: dengan spora.
- Generatif: dengan konyugasi hifa (+) dengan hlifa (-) akan menghasilkan zigospora yang nantinya akan tumbuh menjadi individu baru.
Contoh spesies:
a. Mucor mucedo : biasa hidup di kotoran ternak dan roti.
b. Rhizopus oligosporus : jamur tempe.
4 ASCOMYCOTINA
• Tubuh ada yang uniseluler dan ada yang multi se lul er.
• Ascomycotina, multiseluler, hifanya bersekat dan berinti banyak.
• Hidupnya: ada yang parasit, saprofit, ada yang bersimbiosis dengan ganggang membentuk Lichenes (Lumut kerak).
• Reproduksi:
- Vegetatif : pada jamur uniseluler membentuk tunas-tunas, pada yang multiseluler membentuk spora dari konidia.
- Generatif: Membentuk askus yang menghasilkan askospora.
Contoh spesies:
1. Sacharomyces cerevisae: sehari-hari dikenal sebagai ragi.
- berguna untuk membuat bir, roti maupun alkohol.
- mampu mengubah glukosa menjadi alkohol dan CO2 dengan proses fermentasi.
2. Neurospora sitophila: jamur oncom.
3. Peniciliium noJaJum dan Penicillium chrysogenum penghasil antibiotika penisilin.
4. Penicillium camemberti dan Penicillium roqueforti berguna untuk mengharumkan keju.
5. Aspergillus oryzae untuk membuat sake dan kecap.
6. Aspergillus wentii untuk membuat kecap
7. Aspergillus flavus menghasilkan racun aflatoksin  hidup pada biji-bijian. flatoksin salah satu penyebab kanker hati.
8. Claviceps purpurea hidup sebagai parasit padabakal buah Gramineae.
5 BASIDIOMYCOTINA
• Ciri khasnya alat repoduksi generatifnya berupa basidium sebagai
badan penghasil spora.
• Kebanyalcan anggota spesies berukuran makroskopik.
Contoh spesies:
1. Volvariella volvacea :
jamur merang, dapat dimakan dan sudah dibudidayakan
2. Auricularia polytricha :
jamur kuping, dapat dimakan dan sudah dibudidayakan
3. Exobasidium vexans :
parasit pada pohon teh penyebab penyakit cacar daun teh atau
blister blight.
4. Amanita muscaria dan Amanita phalloides:
jamur beracun, habitat di daerah subtropis
5. Ustilago maydis :
jamur api, parasit pada jagung.
6. Puccinia graminis :
jamur karat, parasit pada gandum
6. DEUTEROMYCOTINA
Nama lainnya Fungi Imperfecti (jamur tidak sempurna) dinamakan demikian karena pada jamur ini belum diketahui dengan pasti cara pembiakan secara generatif.
- Helminthosporium oryzae, merusak kecambah dan menyerang buah-buahan sehingga menimbulkan noda-noda pada daun inang dan buah yang terserang berwarna hitam.
- Alternaria, penyebab busuk pada tanaman budidaya, tomat dan kentang.
- Fusarium, menyerang tanaman kubis, tomat, padi pisang dll.
- Epidermophyton floocosum, penyakit kaki atlit pada manusia.
- Epidermophyton, penyebab penyakit kurap
- Mikrosporium, penyebab penyakit kurap
- Trighophyton, penyebab penyakit kurap

Contoh : Jamur Oncom sebelum diketahui pembiakan generatifnya dinamakan Monilia sitophila tetapi setelah diketahui pembiakan generatifnya yang berupa askus namanya diganti menjadi Neurospora sitophila dimasukkan ke dalam Ascomycotina.
Banyak penyakit kulit karena jamur (dermatomikosis) disebabkan oleh jamur dari golongan ini, misalnya :Epidermophyton fluocosum penyebab penyakit kaki atlit, Microsporum sp., Trichophyton sp. penyebab penyakit kurap.
MIKORHIZA
Mikorhiza adalah simbiosis antara jamur dengan tumbuhan tingkat tinggi, jamur yang dari Divisio Zygomycotina, Ascomycotina dan Basidiomycotina.
Mikorhiza terdiri dari 2 macam, yaitu :
a. Ektomikorhiza : hidup antara jamur dengan tanaman pinus, apabila hifanya tidak menembus ke dalam akar tetapi hanya pada sampai lapisan epidermis.
Dengan adanya ektomikorhiza akar tanaman tidak memerlukan lagi bulu-bulu akar. Melalui jamur ini tanaman dapat memperoleh air atau unsur lainnya. Jamur ini tidak dapat hidup tanpa bersimbiosis dengan akar tanaman.
b. Endomikorhiza : hidup antara jamur dengan tanaman, apabila hifanya dapat menembus sampai ke dalam (korteks).
Jamur ini biasanya terdapat tanaman anggrek, kol, bit dan beberapa jenis pohon lain. Endomikorhiza dapat hidup tanpa bersimbiosis dengan tanaman inangnya. Jamur ini membantu pertumbuhan bintil akar tanaman Leguminoceae dan mempercepat fiksasi nitrogen.
Liken (Lumut kerak)
Adalah hidup simbiosis antara jamur dengan algae. Liken merupakan hasil simbiosis antara jamur ascomycotina atau basidiomycotina dengan algae hijau atau algae biru. Lumut kerak dapat kita temukan pada kulit pohon dan batu-batuan. Talus liken berbentuk tipis yang tersusun atas miselium dan hifa. Setiap liken mempunyai bentuk dan warna serta habitat tertentu yang mempunyai ketergantungan pada jenis-jenis dan algae yang ada.
Jamur pada liken memperoleh makanan dari hasil fotosintesis algae, dan memperoleh air atau mineral dari jamur. Inilah yang menunjukan adanya simbiosis antara jamur dan algae. Lumut kerak melekat pada batu-batuan menggunakan rizoidnya. Bila terjadi perobahan cuaca dan kelembaban, maka liken akan melepaskan fragmen talus dan zat kimia sehingga dapat melapukan permukaan batuan tersebut dengan demikian liken akan tetap hidup.
Karena sifat di atas liken disebut dengan tumbuhan pioner (tumbuhan pertama atau pemula yang dapat mencapai pada lahan yang baru.
contoh :
- Usnea barbata dan Usnea dasypoga : untuk obat tuberculosis, pengahsil antibiotik asam usnin.
- Parmelia acetubulum : berupa lembaran seperti kulit, hidup di pohon dan batu-batuan.



















KHAMIR

Khamir adalah mikroorganisme eukariotik bersel tunggal yang tergolong fungi. Berukuran antara 5 dan 20 mikron. Khamir termasuk organisme uniseluler yang bersifat aerob. Tetapi jenis khamir fermentatif dapat hidup secara anaerob meski pertumbuhannya lambat. Khamir termasuk organisme uniseluler namun memiliki ukuran yang lebih besar daripada bakteri. Dapat membentuk miselium palsu sehingga disebut sebagai pseudomiselium. Berdasarkan alat perkembangbiakannya, khamir dibagi menjadi: 1) khamir sejati (true yeast) yang berkembang biak dengan spora dan khamir yang tidak membentuk spora dan; 2) khamir palsu (false yeast) yang berkembang biak dengan pertunasan, pembelahan atau kombinasi pertunasan dan pembelahan.
Klasifikasi khamir menggunakan karakteristik ascospore, sel dan koloni. Karakteristik Fisiologis juga digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Salah satu karakteristik yang terkenal adalah kemampuan untuk memfermentasi gula untuk produksi etanol. Budding yeast adalah khamir sejati dari filum Ascomycetes , kelas Saccharomycetes (disebut Hemiascomycetes juga). Khamir sejati dipisahkan menjadi satu urutan utama Saccharomycetales .[2]
Umumnya khamir tumbuh pada makanan yang banyak mengandung gula dan ber pH rendah, seperti sirup dan buah-buahan. Karenanya khamir sering digunakan dalam proses fermentasi. Khamir memiliki sekumpulan enzim zymase yang berperan pada fermentasi senyawa gula. Proses fermentasi ini digunakan dalam proses pembuatan roti, tape dan anggur. Namun sifat ini juga dapat merugikan, karena khamir sangat menyukai buah-buahan, sehingga dapat menyebabkan kerusakan yang tidak diinginkan sehingga buah tidak dapat dikonsumsi maupun diolah lebih lanjut.
Khamir/Ragi, seperti kebanyakan jamur, respirasi secara aerobik, tetapi tanpa udara mereka memperoleh energi dengan fermentasi gula dan karbohidrat untuk memproduksi etanol dan karbon dioksida. Ketika ragi diberikan dengan baik gula dan oksigen, koloni tumbuh hingga 20 kali lebih cepat melalui pembelahan sel daripada tanpa oksigen.[1]
Khamir berkembang biak dengan pembelahan sel dengan cara pembentukan tunas. Bagi kebanyakan khamir seperti Saccharomyces cerevisae, tunas dapat berkembang dari setiap bagian permukaan sel induk (pertunasan polar) tetapi bagi beberapa spesies hanya pada bagian tertentu saja. Pada khamir dengan pertunasan bipolar (yaitu spesies Hanseniaspora) pembentukan tunas terbatas pada dua bagian sel yang berlawanan dan sel berbentuk jeruk atau bentuk apikulat.[3]
Khamir kurang tahan terhadap suhu tinggi dibandingkan dengan kapang, Suhu optimum untuk pertumbuhannya adalah 20-38 oC. Dan pada suhu 100oC yeast dan sporanya dapat mati. karena itu pemanasan menjadi cara yang efektif untuk membunuh khamir. Khamir banyak digunakan dalam industri pangan, terutama dari genus Saccharomyces.



















FUNGI
Fungi adalah nama regnum dari sekelompok besar makhluk hidup eukariotik heterotrof yang mencerna makanannya di luar tubuh lalu menyerap molekul nutrisi ke dalam sel-selnya. Fungi memiliki bermacam-macam bentuk. Awam mengenal sebagian besar anggota Fungi sebagai jamur, kapang, khamir, atau ragi, meskipun seringkali yang dimaksud adalah penampilan luar yang tampak, bukan spesiesnya sendiri. Kesulitan dalam mengenal fungi sedikit banyak disebabkan adanya pergiliran keturunan yang memiliki penampilan yang sama sekali berbeda (ingat metamorfosis pada serangga atau katak). Fungi memperbanyak diri secara seksual dan aseksual. Perbanyakan seksual dengan cara :dua hifa dari jamur berbeda melebur lalu membentuk zigot lalu zigot tumbuh menjadi tubuh buah, sedangkan perbanyakan aseksual dengan cara membentuk spora, bertunas atau fragmentasi hifa. Jamur memiliki kotak spora yang disebut sporangium. Di dalam sporangium terdapat spora. Contoh jamur yang membentuk spora adalah Rhizopus. Contoh jamur yang membentuk tunas adalah Saccharomyces. Hifa jamur dapat terpurus dan setiap fragmen dapat tumbuh menjadi tubuh buah. Ilmu yang mempelajari fungi disebut mikologi (dari akar kata Yunani μυκες, "lendir", dan λογοσ, "pengetahuan", "lambang").

Posisi fungi dalam taksonomi
Sebelum dikenalkannya metode molekuler untuk analisis filogenetik, dulu fungi dimasukkan ke dalam kerajaan tumbuhan/plantae karena fungi memiliki beberapa kemiripan dengan tumbuhan yaitu tidak dapat berpindah tempat, juga struktur morfologi dan tempat hidupnya juga mirip. Seperti tanaman, kebanyakan fungi juga tumbuh di tanah. Dalam perkembangannya, fungi dipisahkan dari kerajaan tumbuhan dan mempunyai kerajaan sendiri karena banyak hal yang berbeda. Fungi bukan autotrof seperti tumbuhan melainkan heterotrof sehingga lebih dekat ke hewan. Usaha menyatukan fungi dengan hewan pada golongan yang sama juga gagal karena fungi mencerna makanannya di luar tubuh (eksternal), tidak seperti hewan yang mencerna secara internal. Selain itu, sel-sel fungi berdinding sel yang tersusun dari kitin, tidak seperti sel hewan.
Beberapa ciri-ciri fungi yang mirip dengan makhluk hidup lain:
• Dengan jenis eukariota lainnya: Sama seperti eukariota, sel fungi memiliki membran inti dengan kromosom yang mengandung DNA. Selain itu, sel fungi juga memiliki beberapa organel sitoplasmik seperti mitokondria, sterol, dan ribosom.[3][4]).
• Dengan hewan: Fungi tidak mempunyai kloroplas dan merupakan organisme heterotrof, memerlukan senyawa organik sebagai sumber energinya.[5]
• Dengan tumbuhan: Fungi mempunyai dinding sel[6] dan vakuola. Fungi bisa bereproduksi secara seksual maupun aseksual, dan seperti grup tanaman basal lainnya (seperti tumbuhan paku dan lumut daun), fungi akan menghasilkan spora. Mirip juga dengan lumut daun dan algae, fungi memiliki nukleus yang haploid.[7]
Cara hidup
Fungi hidup menyerap zat organik dari lingkunganya. Berdasarkan cara memperoleh makannya, fungi mempunyai sifat sebagai berikut:
• Saprofit
• Parasit
• Mutual
dan lain - lain
Habitat
Fungi hidup pada lingkungan yang beragam namun sebagian besar jamur hidup di tempat yang lembap. Habitat fungi berada di darat (terestrial) dan di tempat lembap. Meskipun demikian banyak pula fungi yang hidup pada organisme atau sisa-sisa organisme di laut atau di air tawar. Jamur juga dapat hidup di lingkungan yang asam.
Reproduksi
Fungi melakukan reproduksi secara aseksual dan seksual. Reproduksi secara aseksual terjadi dengan pembentukan kuncup atau tunas pada jamur uniselule serta pemutusan benang hifa (fragmentasi miselium) dan pembentukan spora aseksual (spora vegetatif) pada fungi multiseluler. Reproduksi jamur secara seksual dilakukan oleh spora seksual. Spora seksual dihasilkan secara singami. Singgami terdiri dari dua tahap, yaitu tahap plasmogami dan tahap kariogami.
Klasifikasi
Fungi diklasifikasikan menjadi 6 klasifilasi:
• Zygomycota
• Ascomycota
• Basidiomycota
• Deuteromycota
• Mikoriza
• Lumut Kerak

































MORFOLOGI KHAMIR
Jamur adalah sekelompok organisme yang digabungkan dalam takson Kingdom Fungi berdasarkan system Whittaker. Kingdom fungi mempunyai ciri khas yaitu bersifat heterotrof yang mengabsorbsi nutrient dan memiliki kitin pada dinding selnya. Jamur dapat bersifat saprotrop dengan mendapatkan nutrisi dari organisme lain yang mati, bersifat parasit dengan mengisap nutrisi dari organisme hidup, atau dengan bersimbiosis mutualisme dengan satu organisme. Produksi kitin, sejenis polisakarida, adalah synapomorphy (sifat yang serupa) antara fungi, choanoflagellata dan hewan. Hal ini menjadi bukti bahwa secara evolusioner, fungi lebih dekat ke hewan dibandingkan tumbuhan. Tetapi fungi mempunya penggunaan kitin yang berbeda dengan hewan. Hewan hanya memproduksi kitin pada bagian tertentu, misalnya sebagai rangka luar, rambut atau kuku, sementara fungi memiliki kitin sebagai pembentuk dinding pada seluruh selnya. Adanya kitin juga membantu membedakan antara fungi dan eukariota lain, seperti protista. Kingdom Fungi dapat dibagi menjadi 4 filum, yaitu Chytridiomycota, Zygomycota, Ascomycota, and Basidiomycota. Masing-masing filum ini memiliki anggota baik uniseluler maupun multiseluler (Purves dan Sadava, 2003).
Khamir atau yeast adalah kategori non-takson yang mencakup semua fungi uniseluler yang berasal dari kingdom Zygomycota, Ascomycota, and Basidiomycota. Khamir umumnya berkembang biak baik secara seksual maupun aseksual. Cara aseksual yaitu dengan bertunas dan fisi (membelah menjadi dua setelah mitosis). Cara seksual yaitu dengan fusi (penggabungan) dua sel dengan mating type (tipe perkawinan) yang berbeda, zigot hasil fusi ini kemudian akan membentuk 4 hingga 8 spora yang kemudian menyebar (Purves dan Sadava, 2003).
Saccharomyces cerevisiae adalah salah satu jenis fungi yang paling dikenal dan sering digunakan oleh manusia. Karena kemampuannya memetabolisme gula menjadi etanol dan gas karbondioksida, spesies ini sejak dulu telah digunakan dalam proses pembuatan roti. Dalam biologi molekuler, Saccharomyces cerevisiae adalah organisme contoh bagi eukariota, yang peta genetiknya sudah dipahami dengan lengkap. Saccharomyces cerevisiae termasuk dalam filum Ascomycota (Singleton dan Sainsbury, 2006).
Khamir seringkali hampir tidak kelihatan karena tidak kontras dengan medium dimana mereka hidup. Oleh karena itu, perlu dilakukan pewarnaan agar khamir tampak jelas bila diamati dengan mikroskop. Pewarnaan ini ada yang bersifat non-diferensial dan diferensial. Pewarnaan non-diferensial hanya bertujuan agar khamir yang diamati tampak jelas atau kontras dengan latar belakangnya. Pewarnaan differensial bertujuan agar dapat membedakan antara jenis bakteri yang berbeda. Contoh pewarnaan differensial adalah pewarnaan khamir dengan methylen blue sehingga sel mati dan sel hidup memiliki warna yang berbeda, dan pewarnaan tahan asam sehingga sel yang tahan asam akan berwarna merah, sedangkan sel lain tidak. (Harley dan Presscot, 2002).
Pengamatan Morfologi dan PK Khamir
Saccharomyces cerevisiae adalah khamir bertunas yang paling umum digunakan untuk pembuatan roti dan fermentasi bir. S. cerevisiae juga merupakan organisme model di laboratorium karena merupakan eukariota uniseluler yang memiliki keunggulan mudah dikulturkan, tumbuh dengan cepat, genomnya sudah dipetakan dan dapat dengan mudah menerima transfer gen (Jay, 2006).
S. cerevisiae dapat dilihat dengan mikroskon tanpa perwarnaan dan akan terlihat sebagai bintik-bintik transparan. Dalam percobaan ini, pewarnaan dengan methylen blue bukan bertujuan agar S. cerevisiae terlihat, tetapi memiliki tujuan differensial yaitu agar sel yang mati dan sel yang hidup terlihat memiliki warna berbeda. Methylen blue merupakan indikatnr berbentuk kristal yang bila larut dalam air akan membentuk cairan berwarna biru. Methylen blue menjadi tidak berwarna dengan kehadiran enzim aktif, oleh karena itu, sel khamir yang hidup akan tampak transparan. Sebaliknya, dengan ketiadaaan enzim aktif, methylen blue akan tetap berwarna biru, oleh karena itu, sel yang mati akan tampak berwarna biru.
Pengamatan Spora Khamir
Pengamatan spora khamir menggunakan metode pewarnaan tahan asam atau Ziehl Neelsen (ZN). Pewarnaan ini menggunakan pewarna utama carbol fuksin yang berwarna merah. Askus yang berisi spora khamir akan tampak sebagai kumpulan yang sedikit berwarna kemerahan. Hal ini dikarenakan spora S. cerevisiae tersimpan dalam askus yang cukup kuat bertahan dari berbagai cekaman lingkungan seperti kekeringan dan asam. Oleh karena sifat askus ini, S. cerevisiae dapat diawetkan dalam bentuk ragi.S. cerevisiae memiliki 2 cara perkembangbiakan, yaitu secara seksual dan aseksual. Cara aseksual yaitu dengan bertunas. Cara seksual yaitu dengan fusi (penggabungan) dua sel dengan mating type (tipe perkawinan) yang berbeda. S. cerevisiae memiliki mating type a dan α. Zigot hasil fusi ini kemudian akan membentuk 4 spora dalam askus. Normalnya askus ini berisi dari 2 spora a dan 2 spora α. Spora ini akan tumbuh menjadi sel kemudian berkembang dengan cara bertunas hingga terjadi fusi kembali (Purves dan Sadava, 2003).









































BAKTERI

Bakteri merupakan organisme yang paling banyak jumlahnya dan lebih tersebar luas dibandingkan mahluk hidup yang lain . Bakteri memiliki ratusan ribu spesies yang hidup di darat hingga lautan dan pada tempat-tempat yang ekstrim.
Bakteri ada yang menguntungkan tetapi ada pula yang merugikan. Bakteri memiliki ciri-ciri yang membedakannya dengan mahluk hidup yang lain. Bakteri adalah organisme uniselluler dan prokariot serta umumnya tidak memiliki klorofil dan berukuran renik (mikroskopis).
Ciri-ciri Bakteri
Bakteri memiliki ciri-ciri yang membedakannnya dengan mahluk hidup lain yaitu :
1. Organisme multiselluler
2. Prokariot (tidak memiliki membran inti sel )
3. Umumnya tidak memiliki klorofil
4. Memiliki ukuran tubuh yang bervariasi antara 0,12 s/d ratusan mikron umumnya memiliki ukuran rata-rata 1 s/d 5 mikron.
5. Memiliki bentuk tubuh yang beraneka ragam
6. Hidup bebas atau parasit
7. Yang hidup di lingkungan ekstrim seperti pada mata air panas,kawah atau gambut dinding selnya tidak mengandung peptidoglikan
8. Yang hidupnya kosmopolit diberbagai lingkungan dinding selnya mengandung peptidoglikan
Struktur Bakteri
Struktur bakteri terbagi menjadi dua yaitu:
1. Struktur dasar (dimiliki oleh hampir semua jenis bakteri) Meliputi: dinding sel, membran plasma, sitoplasma, ribosom, DNA, dan granula penyimpanan
2. Struktur tambahan (dimiliki oleh jenis bakteri tertentu) Meliputi kapsul, flagelum, pilus, fimbria, klorosom, Vakuola gas dan endospora.

Struktur dasar sel bakteri





struktur-bakteri1
Struktur dasar bakteri :
1. Dinding sel tersusun dari peptidoglikan yaitu gabungan protein dan polisakarida (ketebalan peptidoglikan membagi bakteri menjadi bakteri gram positif bila peptidoglikannya tebal dan bakteri gram negatif bila peptidoglikannya tipis).
2. Membran plasma adalah membran yang menyelubungi sitoplasma tersusun atas lapisan fosfolipid dan protein.
3. Sitoplasma adalah cairan sel.
4. Ribosom adalah organel yang tersebar dalam sitoplasma, tersusun atas protein dan RNA.
5. Granula penyimpanan, karena bakteri menyimpan cadangan makanan yang dibutuhkan.

granula
Struktur tambahan bakteri :
1. Kapsul atau lapisan lendir adalah lapisan di luar dinding sel pada jenis bakteri tertentu, bila
lapisannya tebal disebut kapsul dan bila lapisannya tipis disebut lapisan lendir. Kapsul dan lapisan lendir tersusun atas polisakarida dan air.
2. Flagelum atau bulu cambuk adalah struktur berbentuk batang atau spiral yang menonjol dari dinding sel.
3. Pilus dan fimbria adalah struktur berbentuk seperti rambut halus yang menonjol dari dinding sel, pilus mirip dengan flagelum tetapi lebih pendek, kaku dan berdiameter lebih kecil dan tersusun dari protein dan hanya terdapat pada bakteri gram negatif. Fimbria adalah struktur sejenis pilus tetapi lebih pendek daripada pilus.
4. Klorosom adalah struktur yang berada tepat dibawah membran plasma dan mengandung pigmen klorofil dan pigmen lainnya untuk proses fotosintesis. Klorosom hanya terdapat pada bakteri yang melakukan fotosintesis.
5. Vakuola gas terdapat pada bakteri yang hidup di air dan berfotosintesis.
6. Endospora adalah bentuk istirahat (laten) dari beberapa jenis bakteri gram positif dan terbentuk didalam sel bakteri jika kondisi tidak menguntungkan bagi kehidupan bakteri. Endospora mengandung sedikit sitoplasma, materi genetik, dan ribosom. Dinding endospora yang tebal tersusun atas protein dan menyebabkan endospora tahan terhadap kekeringan, radiasi cahaya, suhu tinggi dan zat kimia. Jika kondisi lingkungan menguntungkan endospora akan tumbuh menjadi sel bakteri baru.
Bentuk Bakteri
Bentuk dasar bakteri terdiri atas bentuk bulat (kokus), batang (basil),dan spiral (spirilia) serta terdapat bentuk antara kokus dan basil yang disebut kokobasil.
Berbagai macam bentuk bakteri :
1. Bakteri Kokus :

kokus
a. Monokokus yaitu berupa sel bakteri kokus tunggal
b. Diplokokus yaitu dua sel bakteri kokus berdempetan
c. Tetrakokus yaitu empat sel bakteri kokus berdempetan berbentuk segi empat.
d. Sarkina yaitu delapan sel bakteri kokus berdempetan membentuk kubus
e. Streptokokus yaitu lebih dari empat sel bakteri kokus berdempetan membentuk rantai.
f. Stapilokokus yaitu lebih dari empat sel bakteri kokus berdempetan seperti buah anggur









2. Bakteri Basil :

basil
a. Monobasil yaitu berupa sel bakteri basil tunggal
b. Diplobasil yaitu berupa dua sel bakteri basil berdempetan
c. Streptobasil yaitu beberapa sel bakteri basil berdempetan membentuk rantai
3. Bakteri Spirilia :

spirilia
a. Spiral yaitu bentuk sel bergelombang
b. Spiroseta yaitu bentuk sel seperti sekrup
c. Vibrio yaitu bentuk sel seperti tanda baca koma
Alat Gerak Bakteri
Alat gerak pada bakteri berupa flagellum atau bulu cambuk adalah struktur berbentuk batang atau spiral yang menonjol dari dinding sel. Flagellum memungkinkan bakteri bergerak menuju kondisi lingkungan yang menguntungkan dan menghindar dari lingkungan yang merugikan bagi kehidupannya.
Flagellum memiliki jumlah yang berbeda-beda pada bakteri dan letak yang berbeda-beda pula yaitu
1. Monotrik : bila hanya berjumlah satu
2. Lofotrik : bila banyak flagellum disatu sisi
3. Amfitrik : bila banyak flagellum dikedua ujung
4. Peritrik : bila tersebar diseluruh permukaan sel bakteri
Faktor-faktor Yang Mempengaruhi Pertumbuhan Bakteri
Pertumbuhan pada bakteri mempunyai arti perbanyakan sel dan peningkatan ukuran populasi.
Faktor–faktor yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri atau kondisi untuk pertumbuhan optimum adalah :
1. Suhu
2. Derajat keasaman atau Ph
3. Konsentrasi garam
4. Sumber nutrisi
5. Zat-zat sisa metabolisme
6. Zat kimia
Hal tersebut diatas bervariasi menurut spesies bakterinya.
Cara Perkembangbiakan bakteri:
Bakteri umumnya melakukan reproduksi atau berkembang biak secara aseksual (vegetatif = tak kawin) dengan membelah diri. Pembelahan sel pada bakteri adalah pembelahan biner yaitu setiap sel membelah menjadi dua.
Reproduksi bakteri secara seksual yaitu dengan pertukaran materi genetik dengan bakteri lainnya.
Pertukaran materi genetik disebut rekombinasi genetik atau rekombinasi DNA.
Rekombinasi genetik dapat dilakukan dengan tiga cara yaitu:
1. Transformasi adalah pemindahan sedikit materi genetik, bahkan satu gen saja dari satu sel bakteri ke sel bakteri yang lainnya.

transformasi
2. Transduksi adalah pemindahan materi genetik satu sel bakteri ke sel bakteri lainnnya dengan perantaraan organisme yang lain yaitu bakteriofage (virus bakteri).

transduksi
3. Konjugasi adalah pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.

konjugasi
Peranan Bakteri
Dalam kehidupan manusia bakteri mempunyai peranan yang menguntungkan maupun yang merugikan.
Bakteri yang menguntungkan adalah sebagai berikut :
1. Pembusukan (penguraian sisa-sisa mahluk hidup contohnya Escherichia colie).
2. Pembuatan makanan dan minuman hasil fermentasi contohnya Acetobacter pada pembuatan asam cuka, Lactobacillus bulgaricus pada pembuatan yoghurt, Acetobacter xylinum pada pembuatan nata de coco dan Lactobacillus casei pada pembuatan keju yoghurt.
3. Berperan dalam siklus nitrogen sebagai bakteri pengikat nitrogen yaitu Rhizobium leguminosarum yang hidup bersimbiosis dengan akar tanaman kacang-kacangan dan Azotobacter chlorococcum.
4. Penyubur tanah contohnya Nitrosococcus dan Nitrosomonas yang berperan dalam proses nitrifikasi menghasilkan ion nitrat yang dibutuhkan tanaman.
5. Penghasil antibiotik contohnya adalah Bacillus polymyxa (penghasil antibiotik polimiksin B untuk pengobatan infeksi bakteri gram negatif, Bacillus subtilis penghasil antibioti untuk pengobatan infeksi bakteri gram positif,Streptomyces griseus penghasil antibiotik streptomisin untuk pengobatan bakteri gram negatif termasuk bakteri penyebab TBC dan Streptomyces rimosus penghasil antibiotik terasiklin untuk berbagai bakteri.
6. Pembuatan zat kimia misalnya aseton dan butanol oleh Clostridium acetobutylicum
7. Berperan dalam proses pembusukan sampah dan kotoran hewan sehinggga menghasilkan energi alternatif metana berupa biogas. Contohnya methanobacterium
8. Penelitian rekayasa genetika dalam berbagai bidang.sebagai contoh dalam bidang kedokteran dihasilkan obat-obatan dan produk kimia bermanfaat yang disintesis oleh bakteri, misalnya enzim, vitamin dan hormon.
Bakteri yang merugikan sebagai berikut :
1. Pembusukan makanan contohnya Clostridium botulinum
2. Penyebab penyakit pada manusia contohnya Mycobacterium tuberculosis ( penyebab penyakit TBC ), Vibrio cholerae ( penyebab kolera atau muntaber ), Clostridium tetani (penyebab penyakit tetanus ) dan Mycobacterium leprae (penyebab penyakit lepra )
3. Penyebab penyakit pada hewan contohnya Bacilluc antrachis (penyebab penyakit antraks pada sapi )
4. Penyebab penyakit pada tanaman budidaya contohnya Pseudomonas solanacearum (penyebab penyakit pada tanaman tomat, lombok, terung dan tembakau) serta Agrobacterium tumafaciens (penyebab tumor pada tumbuhan)





































VIRUS


Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus bersifat parasit obligat, hal tersebut disebabkan karena virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus akan diekspresikan menjadi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.
Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofage atau fage digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel).
Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya secara bebas jika tidak berada dalam sel inang. Karena karakteristik khasnya ini virus selalu terasosiasi dengan penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influenza dan HIV), hewan (misalnya virus flu burung), atau tanaman (misalnya virus mosaik tembakau/TMV).
Etimologi
Kata virus adalah kata bahasa Latin untuk racun dan substansi beracun lainnya, yang pertama kali digunakan di Bahasa Inggris tahun 1392.[1] Definisi "agen yang menyebabkan infeksi penyakit" pertama kali digunakan tahun 1728,[1] sebelum ditemukannya virus sendiri oleh Dmitry Iwanovsky tahun 1892.
Sejarah penemuan


Virus mosaik tembakau merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan dengan mikroskop elektron.
• Virus telah menginfeksi sejak jaman sebelum masehi, hal tersebut terbukti dengan adanya beberapa penemuan-penemuan yaitu laporan mengenai infeksi virus dalam hieroglyph di Memphis, ibu kota Mesir kuno (1400SM) yang menunjukkan adana penyakit poliomyelitis, selain itu, Raja Firaun Ramses V meninggal pada tahun 1196 SM dan dipercaya meninggal karena terserang virus Smallpox.
• Pada jaman sebelum masehi, virus endemik yang cukup terkenal adalah virus Smallpox yang menyerang masyarakat cina pada tahun 1000. Akan tetapi pada pada tahun 1798 , Edward Jenner menemukan bahwa beberapa pemerah susu memiliki kekebalan terhadap virus pox. Hal tersebut diduga karena Virus Pox yang terdapat pada sapi, melindungi manusia dari Pox. Penemuan tersebut yang dipahami kemudian merupakan pelopor penggunaan vaksin.
• Pada tahun 1880, Louis Pasteur dan Robert Koch mengemukakan suatu "germ theory" yaitu bahwa mikroorganisme merupakan penyebab penyakit. Pada saat itu juga terkenal Postulat Koch yang sangat terkenal hingga saat ini yaitu :
1. Agen penyakit harus ada di dalam setiap kasus penyakit
2. Agen harus bisa diisolasi dari inang dan bisa ditumbuhkan secara in vitro
3. Ketika kultur agen muri diinokulasikan ke dalam sel inang sehat yang rentan maka ia bisa menimbulkan penyakit
4. Agen yang sama bisa di ambil dan diisolasi kembali dari inang yang terinfeksi tersebut
• Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai penyakit mosaik yang menghambat pertumbuhan tanaman tembakau dan membuat daun tanaman tersebut memiliki bercak-bercak. Pada tahun 1883, Adolf Mayer, seorang ilmuwan Jerman, menemukan bahwa penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi sakit setelah disemprot dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil menemukan mikroba di getah tanaman tersebut, Mayer menyimpulkan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri yang lebih kecil dari biasanya dan tidak dapat dilihat dengan mikroskop.
• Pada tahun 1892, Dimitri Ivanowsky dari Rusia menemukan bahwa getah daun tembakau yang sudah disaring dengan penyaring bakteri masih dapat menimbulkan penyakit mosaik. Ivanowsky lalu menyimpulkan dua kemungkinan, yaitu bahwa bakteri penyebab penyakit tersebut berbentuk sangat kecil sehingga masih dapat melewati saringan, atau bakteri tersebut mengeluarkan toksin yang dapat menembus saringan.[2] Kemungkinan kedua ini dibuang pada tahun 1897 setelah Martinus Beijerinck dari Belanda menemukan bahwa agen infeksi di dalam getah yang sudah disaring tersebut dapat bereproduksi karena kemampuannya menimbulkan penyakit tidak berkurang setelah beberapa kali ditransfer antartanaman.[2] Patogen mosaik tembakau disimpulkan sebagai bukan bakteri, melainkan merupakan contagium vivum fluidum, yaitu sejenis cairan hidup pembawa penyakit.[2]
• Setelah itu, pada tahun 1898, Loeffler dan Frosch melaporkan bahwa penyebab penyakit mulut dan kaki sapi dapat melewati filter yang tidak dapat dilewati bakteri. Namun demikian, mereka menyimpulkan bahwa patogennya adalah bakteri yang sangat kecil.[2]
• Pendapat Beijerinck baru terbukti pada tahun 1935, setelah Wendell Meredith Stanley dari Amerika Serikat berhasil mengkristalkan partikel penyebab penyakit mosaik yang kini dikenal sebagai virus mosaik tembakau.[3] Virus ini juga merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan dengan mikroskop elektron pada tahun 1939 oleh ilmuwan Jerman G.A. Kausche, E. Pfankuch, dan H. Ruska.[4]
• Pada tahun 1911, Peyton Rous menemukan jika ayam yang sehat diinduksi dengan sel tumor dari ayam yang sakit, maka pada ayam yang sehat tersebut juga akan terkena kanker.[5] Selain itu, Rous juga mencoba melisis sel tumor dari ayam yang sakit lalu menyaring sari-sarinya dengan pori-pori yang tidak dapat dilalui oleh bakteri, lalu sari-sari tersebut di suntikkan dalam sel ayam yang sehat dan ternyata hal tersebut juga dapat menyebabkan kanker.[5] Rous menyimpulkan kanker disebabkan karena sel virus pada sel tumor ayam yang sakit yang menginfeksi sel ayam yang sehat.[5] Penemuan tersebut merupakan penemuan pertama virus onkogenik, yaitu virus yang dapat menyebabkan tumor. Virus yang ditemukan oleh Rous dinamakan Rous Sarcoma Virus(RSV).[5]
• Pada tahun 1933, Shope papilloma virus atau cottontail rabbit papilloma virus (CRPV)yang ditemukan oleh Dr Richard E Shope merupakan model kanker pertama pada manusia yag disebabkan oleh virus.[6] Dr Shope melakukan percobaan dengan mengambil filtrat dari tumor pada hewan lalu disuntikkan pada kelinci domestik yang sehat, dan ternyata timbul tumor pada kelinci tersebut.[6]
• Wendell Stanley merupakan orang pertama yang berhasil mengkristalkan virus pada tahun 1935.[7] Virus yang dikristalkan merupakan Tobacco Mozaic Virus (TMV).[7] Stanley mengemukakan bahwa virus akan dapat tetap aktif meskipun setelah kristalisasi.[7]
• Martha Chase dan Alfred Hershey pada tahun 1952 berhasil menemukan bakteriofage.[8] Bakterofage merupakan virus yang memiliki inang bakteri sehingga hanya dapat bereplikasi di dalam sel bakteri.[8]
Struktur dan anatomi virus


Model skematik virus berkapsid heliks (virus mosaik tembakau): 1. asam nukleat (RNA), 2. kapsomer, 3. kapsid.
Virus adalah organisme subselular yang karena ukurannya sangat kecil, hanya dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop elektron. Ukurannya lebih kecil daripada bakteri sehingga virus tidak dapat disaring dengan penyaring bakteri. Virus terkecil berdiameter hanya 20 nm (lebih kecil daripada ribosom), sedangkan virus terbesar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop cahaya.[9]
Genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA.[10] Genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda, DNA untai tunggal, RNA untai ganda, atau RNA untai tunggal.[10] Selain itu, asam nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler.[10] Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar.[10][9] Bahan genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa DNA, dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA yang beruntai tunggal.[10]
Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung.[10] Protein yang menjadi lapisan pelindung tersebut disebut kapsid.[10] Bergantung pada tipe virusnya, kapsid bisa berbentuk bulat (sferik), heliks, polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang disandikan oleh genom virus.[10] Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer.[9][10]


Bakteriofag terdiri dari kepala polihedral berisi asam nukleat dan ekor untuk menginfeksi inang.

Untuk virus berbentuk heliks, protein kapsid (biasanya disebut protein nukleokapsid) terikat langsung dengan genom virus.[11] Misalnya, pada virus campak, setiap protein nukleokapsid terhubung dengan enam basa RNA membentuk heliks sepanjang sekitar 1,3 mikrometer.[11] Komposisi kompleks protein dan asam nukleat ini disebut nukleokapsid.[11] Pada virus campak, nukleokapsid ini diselubungi oleh lapisan lipid yang didapatkan dari sel inang, dan glikoprotein yang disandikan oleh virus melekat pada selubung lipid tersebut.[11] Bagian-bagian ini berfungsi dalam pengikatan pada dan pemasukan ke sel inang pada awal infeksi.[11]


Virus cacar air memiliki selubung virus.
Kapsid virus sferik menyelubungi genom virus secara keseluruhan dan tidak terlalu berikatan dengan asam nukleat seperti virus heliks.[12] Struktur ini bisa bervariasi dari ukuran 20 nanometer hingga 400 nanometer dan terdiri atas protein virus yang tersusun dalam bentuk simetri ikosahedral.[12] Jumlah protein yang dibutuhkan untuk membentuk kapsid virus sferik ditentukan dengan koefisien T, yaitu sekitar 60t protein.[12] Sebagai contoh, virus hepatitis B memiliki angka T=4, butuh 240 protein untuk membentuk kapsid.[12] Seperti virus bentuk heliks, kapsid sebagian jenis virus sferik dapat diselubungi lapisan lipid, namun biasanya protein kapsid sendiri langsung terlibat dalam penginfeksian sel.[12]
Beberapa jenis virus memiliki unsur tambahan yang membantunya menginfeksi inang.Virus pada hewan memiliki selubung virus, yaitu membran menyelubungi kapsid.[13] Selubung ini mengandung fosfolipid dan protein dari sel inang, tetapi juga mengandung protein dan glikoprotein yang berasal dari virus.[13] Selain protein selubung dan protein kapsid, virus juga membawa beberapa molekul enzim di dalam kapsidnya. Ada pula beberapa jenis bakteriofag yang memiliki ekor protein yang melekat pada "kepala" kapsid. Serabut-serabut ekor tersebut digunakan oleh fag untuk menempel pada suatu bakteri.[14] Partikel lengkap virus disebut virion. Virion berfungsi sebagai alat transportasi gen, sedangkan komponen selubung dan kapsid bertanggung jawab dalam mekanisme penginfeksian sel inang.[14]

Patogenesis Virus
Macam-macam infeksi virus
Virus dapat menginfeksi inangnya dan menyebabkan berbagai akibat bagi inangnya.[15] ada yang berbahaya, namun juga ada yang dapat ditangani oleh sel imun dalam tubuh sehingga akibat yang dihasilkan tidak terlalu besar.[15]
1. Infeksi Akut
infeksi akut merupakan infeksi yang berlangsung dalam jangka waktu cepat namun dapat juga berakib`t fatal.[15] Akibat dari infeksi akut adalah :
* Sembuh tanpa kerusakan (Sembuh total)[15]
* Sembuh dengan kerusakan/cacat, misalnya : polio[15]
* Berlanjut kepada infeksi kronis[15]
* Kematian[15]
2. Infeksi Kronis
Infeksi kronis merupakan infeksi virus yang berkepanjangan sehingga ada resiko gejala penyakit muncul kembali.[15] Contoh dari infeksi kronis adalah :
* Silent subclinical infection seumur hidup, contoh : cytomegalovirus( CMV)[15]
* Periode diam yang cukup lama sebelum munculnya penyakit, contoh : HIV [15]
* Reaktivasi yang menyebabkan infeksi akut, contoh : shingles[15]
* Penyakit kronis yang berulang (kambuh), contoh : HBV, HCV
* Kanker contoh : HTLV-1, HPV, HBV, HCV, HHV.[15]
Replikasi virus
Replikasi virus terdiri atas beberapa tahapan-tahapan yaitu pelekatan virus, penetrasi, pelepasan mantel, replikasi genom dan ekspresi gen, perakitan, pematangan, dan pelepasan.
Pelekatan Virus
Pelekatan virus merupakan proses interaksi awal antara partikel virus dengan molekul reseptor pada permukaan sel inang.[16] Pada tahap ini, terjadi ikatan spesifik antara molekul reseptor seluler dengan antireseptor pada virus.[16] Beberapa jenis virus memerlukan molekul lainnya untuk proses pelekatan yaitu koreseptor.[16]
Molekul reseptor yang target pada permukaan sel dapat berbentuk protein (biasanya glikoprotein) atau residu karbohidrat yang terdapat pada glikoprotein atau glikolipid.[16]
Beberapa virus kompleks seperti poxvirus dan herpesvirus memiliki lebih dari satu reseptor sehingga mempunyai beberapa rute untuk berikatan dengan sel.[16]
Reseptor virus mempunyai beberapa kelas yang berbeda :
• molekul immunoglobulin-like superfamily
• reseptor terkait membran
• saluran dan transporter transmembran[16]
Beberapa contoh virus beserta reseptor yang dimiliki :
• Human Rhinovirus (HRV)
Human Rhinovirus memiliki reseptor ICAM-1(Intracelluler adhesion molecule-1).[17] Molekul tersebut merupakan molekul adhesi yang fungsi normalnya adalah untuk mengikatkan sel kepada substratnya.[17] struktur ICAM-1 mirip dengan molekul imunoglobulin dengan domain C dan V sehingga digolongkan sebagai protein supefamily immunoglobulin[17]
Struktur ICAM-1 memiliki lima Ig-like domain untuk berikatan dengan Lfa-1 (Leukocite function antigen-1), Mac-1 (Macrofage antigen-1), Rhinovirus (HRV), fibrinogen, dan PFIE (malaria infected erythocytes).[17]
10 serotipe dari HRV menggunakan ICAM-1 sebagai reseptor, sepuluh serotipe lainnya menggunakan protein yang beruhubungan dengan LDL reseptor.[17]
• Poliovirus
mempunyai reseptor virus berupa protein membran integral yang juga anggota dari molekul superfamily immunoglobulin.[18] Reseptor ini memiliki tiga domain yaitu satu berupa variabel dan dua konstan.[18]
• Virus influenza
Virus ini mempunyai dua tipe spike glikoprotein pada permukaan partikel virus yaitu hemagglutinin (HA) dan neuraminidase.[19] HA akan berikatan dengan reseptor virus influenza yang berupa asam sialat (N-asetil neuraminic acid).[19]
virus ini berikatan dengan muatan negatif dari moieties asam sialat yang ada pada rantai oligosakarida yang secara kovalen berikatan dengan glikoprotein pada permukaan sel.[19]
adanya asam sialat pada hampir semua jenis sel menyebabkan virus influenza bisa berikatan dengan banyak tipe sel.[19]
Penetrasi
Penetrasi terjadi pada waktu yang sangat singkat setelah pelekatan virus pada reseptor di membran sel.[20] Proses ini memerlukan energi Tiga mekanisme yang terlibat:
• Translokasi partikel virus
Proses translokasi relatif jarang terjadi di antara virus dan mekanisme belom sepenuhnya dipahami benar, kemungkinan diperantarai oleh protein di dalam virus kapsid dan reseptor membran spesifik.[21]
• Endositosis virus ke dalam vakuola intraseluler
proses endositosis merupakan mekanisme yang sangat umum sebagai jalan masuk virus ke dalam sel.[22] Tidak diperlukan protein virus spesifik selain yang telah digunakan untuk pengikatan reseptor.[22]
• fusi dari envelope dengan membran sel (untuk virus yang berenvelope)

Proses fusi virus berenvelop dengan membran sel baik secara langsung maupun dengan permukaan sel maupun mengikuti endositosis dalam sitoplasma.[22] Diperlukan adanya protein fusi spesifik dalam envelop virus, misalnya : HA influenza dan glikoprotein transmembran (TM) Rhinovirus.[22]
Pelepasan Mantel
Tahap ini terjadi setelah proses penetrasi dimana kapsid virus baik seluruhnya maupun sebagian dipindahkan ke dalam sitoplasma sel inang.[20] Pada tahap ini genom virus terekspos dalam bentuk kompleks nukleoprotein.[20] Dalam beberapa kasus, tahap ini berlangsung cukup sederhana dan terjadi selama fusi pada membran virus dengan membran plasma.[20] untuk virus lainnya, tahap ini merupakan proses multistep yang melibatkan jalur endositosis dan membran nukleus.[20]
Replikasi Genom dan Ekspresi Gen


7 Klasifikasi Baltimore.[23]
Strategi replikasi dari beberapa virus tergantung pada material genetik alami dari virus tersebut.[24] Dalam hal ini, virus dibagi dalam 7 kelompok seperti pengelompokan [[David Baltimore].[24] Proses ekspresi gen akan menentukan semua proses infeksi virus (akut, kronis, persisten, atau laten).[24]
• Kelas I : DNA Utas Ganda
Kelompok ini dibagi menjadi dua kelompok :
1. Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor-faktor seluler (Adenoviridae, Polyomaviridae, Herpesviridae)[24]
2. Replikasi terjadi di sitoplasma (Poxviridae). virus ini melibatkan semua faktor-faktor yang penting untuk transkripsi dan replikasi dari genomnya, dan kebanyakan tidak tergantung pada perangkat replikasi dari inangnya[24].
• Kelas II : DNA Utas Tunggal
Replikasi terjadi di dalam nukleus, melibatkan bentuk utas ganda intermediate sebagai cetakan untuk sintesis utas tunggal DNA turunannya (Parvoviridae)[24]
• Kelas III : RNA Utas Ganda
Virusnya memiliki genom yang tersegmentasi. masing-masing segmennya ditranskripsi secara terpisah untuk menghasilkan monosistronik mRNA individual. contoh : Reoviridae[24]
• Kelas IV : RNA Utas Tunggal (+)
Virus dengan polisistronik mRNA dimana kelas ini genom RNA membentuk mRNA yang ditranslasikan untuk membentuk suatu polyprotein yang dipecah membentuk protein matang. Contoh : Picornaviridae[24]
• Kelas V : RNA Utas Tunggal (-)
Genom pada kelas ini dibagi menjadi dua tipe :
1. Genom tidak bersegmen (Rhabdoviridae), Tahap pertama dalam replikasi adalah transkripsi dari genom RNA utas (-) oleh virion RNA-dependent RNA polimerase untuk menghasilkan monosistronik mRNA yang juga sebagai cetakan untuk replikasi genom.[24]
2. Genom bersegmen (Orthomixoviridae), replikasi terjadi di dalam nukleus dimana monosistronik mRNA untuk masing-masing gen virus dihasilkan oleh transkriptase virus.[24]
• Kelas VI : RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA Intermediate
Genom Retrovirus RNA utas tunggal (+) bersifat diploid dan tidak dipakai secara langsung sebagai mRNA tetapi sebagi template untuk reverse transkriptase menjadi DNA.[24]
• Kelas VII : DNA Utas Ganda dengan RNA Intermediate
Virus kelompok ini bergantung kepada reverse transkriptase, tetapi berbeda dengan retrovirus, prosesnya terjadi di dalam partikel virus selama maturasi (Hepadnaviridae).[24]

Perakitan
Perakitan merupakan proses pengumpulan komponen-komponen virion pada bagian khusus di dalam sel.[20] Selama proses ini, terjadi pembentukan struktur partikel virus.[20] Proses ini tergantung kepada proses replikasi di dalam sel dan tempat di mana virus melepaskan diri dari sel.[20] mekanisme perakitan bervariasi untuk virus yang berbeda-beda. Contoh : proses perakitan Picornavirus, Poxvirus, dan Reovirus terjadi di sitoplasma, sementara itu proses perakitan Adenovirus , Poliovirus, dan Parvovirus terjadi di nukleus.[20]
Pematangan
Pematangan merupakan tahap dari siklus hidup virus dimana virus bersifat infeksius.[20] pada tahap ini terjadi perubahan struktur dalam partikel virus yang kemungkinan dihasilkan oleh pemecahan spesifik protein kapsid untuk menghasilkan produk yang matang.[20] protease virus dan enzim seluler lainnya biasanya terlibat dalam proses ini.[20]
Pelepasan
Semua virus kecuali virus tanaman melepaskan diri dari sel inang melalui dia mekanisme :
• untuk virus litik (semua virus non-selubung), pelepasan merupakan proses yang sederhana, dimana sel yang terinfeksi terbuka dan virus keluar.[20]
• untuk virus berselubung, diperlukan membran lipid ketika virus keluar dari sel melewati membran , proses ini dikenal sebagai budding.[20]
Proses pelepasan partikel virus kemungkinan bisa merusak sel(Paramyxovirus, Rhabdovirus, dan Togavirus) , dan kemungkinan sebagian lagi tidak merusak sel (Retrovirus).[20]
Klasifikasi virus
Virus dapat diklasifikasi menurut morfologi, tropisme dan cara penyebaran, dan genomik fungsional.[25]
• Klasifikasi virus berdasarkan morfologi
Berdasarkan morfologi, virus dibagi berdasarkan jenis asam nukleat dan juga protein membran terluarnya (envelope) menjadi 4 kelompok, yaitu :[25]
1. Virus DNA
2. Virus RNA
3. Virus berselubung
4. Virus non-selubung
• Klasifikasi virus berdasarkan tropisme dan cara penyebaran
Berdasarkan tropisme dan cara penyebaran, virus dibagi menjadi:[25]
1. Virus Enterik
2. Virus Respirasi
3. Arbovirus
4. Virus onkogenik
5. Hepatitis virus
• Klasifikasi virus berdasarkan genomik fungsional
Virus di klasifikan menjadi 7 kelompok berdasarkan alur fungsi genomnya. Klasifikasi ini disebut juga klasifikasi Baltimore yaitu:[25]
1. Virus Tipe I = DNA Utas Ganda
2. Virus Tipe II = DNA Utas Tunggal
3. Virus Tipe III = RNA Utas Ganda
4. Virus Tipe IV = RNA Utas Tunggal (+)
5. Virus Tipe V = RNA Utas Tunggal (-)
6. Virus Tipe VI = RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA perantara
7. Virus Tipe VII = DNA Utas Ganda dengan RNA perantara
Contoh-contoh virus
Virus RNA
Virus RNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa RNA, kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas III, IV, V, dan VI. Beberapa contoh familia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Retroviridae, Picornaviridae, Orthomixoviridae, dan Arbovirus.[26]
Retroviridae
Retroviridae merupakan virus berbentuk ikosahedral. Virus ini memiliki genom RNA berjumlah dua buah yang keduanya identik dan memiliki polaritas positif yang nantinya akan diekspresikan menjadi enzim polimerase yang unik yaitu reverse traskriptase yang berguna untuk mengubah RNA menjadi DNA.[26][27]DNA yang dihasilkan nantinya akan berintegrasi ke dalam DNA sel inang sebagai provirus.[26] Virus ini termasuk ke dalam virus yang ganas, dapat menyebabkan penekanan sistem kekebalan tubuh dan juga tumor.[26] Sifatnya yang ganas tersebut disebabkan salah satunya karena virus ini mudah mengalami mutasi.[26]
Salah satu genus dari famili ini yang paling terkenal adalah genus Lentivirus, yang contoh spesiesnya adalah HIV 1 dan 2.[26]
Picornaviridae
Picornaviridae merupakan berukuran kecil. Virus ini memiliki genom RNA dengan polaritas positif sehingga termasuk virus kelas IV dalam klasifikasi Baltimore.[28] Virus dalam famili ini mampu menyebabkan banyak penyakit pada manusia, di antaranya adalah penyakit polio yang disebabkan oleh Poliovirus dan flu ringan yang disebabkan oleh Rhinovirus.[28]
Orthomixoviridae
Orthomoxoviridae merupakan virus yang memiliki selubung dengan materi genetik RNA bersegmen berpolaritas negatif sehingga virus ini termasuk dalam kelas V dalam klasifikasi Baltimore.[29] Ciri khan dari virus ini adalah virus ini memiliki protein permukaan yang merupakan antigen utama yaitu Hemmaglutinin (HA) dan Neuraminidase (NA).[29] Hemmaglutinin merupakan bagian virus yang menempel pada sel target oleh sebab itu antibodi terhadap hemmaglutinin dapat melindung dari infeksi virus.[29] Neuraminidase berperan untuk melepaskan virion dari sel oleh sebab itu antibodi terhadap NA dapat menekan tingkat keparahan infeksi virus.[29]
Virus ini di klasifikasikan menjadi empat kelompok yaitu :
1. Influenza tipe A
Influenza tipe A merupakan virus yang menginfeksi berbagai spesies baik manusia, burung (burung liar, ternak, domestik), babi, kuda, anjing, dan mamalia air(anjing laut dan paus).[29] Virus influenza tipe A dapat mengalami antigenic drift dan antigenic shift. [29]
Antigenic drift adalah terjadinya mutasi pada gen yang menyandikan protein Hemmaglutinin. Hal tersebut menyebabkan antibodi yang ada tidak dapat mengenalinya lagi. Kejadian tersebut menyebabkan terjadinya endemik musiman.[29]
Antigenic shift adalah munculnya subtipe barus virus influenza yang disebabkan karena penggabunggan genetik antara manusia dengan virus hewan atau dengan transmisi langsung dari hewan unggas ke manusia. karena tidak ada atau sedikitnya imunitas terhada virus baru, maka pandemik dapat terjadi.[29]
2. Influenza tipe B
3. Influenza tipe C
4. Tick-Borne Influenza
virus ini merupakan virus yang berasal dari kutu.[29]
Arboviruses
Arbovirus merupakan singkatan dari ARthropoda-BOrne virus yaitu virus yang berasal dari kelompok Arthropoda.[30] Arbovirus dibagi menjadi empat famili yaitu :
1. Togaviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Rubellavirus.[30]
2. Flaviviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Hepatitis C virus dan Denguevirus yang penyebabkan penyakit demam berdarah dengue.[30]
3. Bunyaviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah California encephalitis virus (CE) yang menyebabkan penyakit encephalitis pada manusia.[30]
4. Reoviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah reovirus yang menyebabkan Colorado tick fever dan Rotavirus yang menyebabkan diare epidemik pada anak-anak.[30]
Virus DNA
Virus DNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa DNA, kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas I, II, VII. Beberapa contoh familia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Herpesviridae, Parvoviridae, dan Poxviridae.[31]
Herpesviridae
Herpesviridae merupakan kelompok virus berukuran besar dengan materi genetik DNA utas ganda sehingga dikelompokkan ke dalam kelas 1 dalam klasifikasi baltimore. Virus dalam kelompok ini dapat menyebabkan penyakit ganas dan juga dapat menyebabkan kelainan pasca kelahiaran pada bayi.[31] Herpesviridae terbagi ke dalam beberapa genus, yaitu :
1. Alpha Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok Alpha herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut dengan gejala yang muncul saat itu juga.[31] infeksi virus ini bersifat laten persisten disebabkan karena kemampuan genom virus ini untuk berintergrasi dengan sel inang.[31] jika kondisi inang sedang lemah, maka ada kemungkinan penyakit dapat muncul kembali pada tempat yang sama.[31] contoh dari virus ini adalah Herpes simplex tipe 1 dan 2 dan Varicella zoster(VZ) virus.[31]
2. Beta Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok beta herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut akan tetapi tidak ditemukan gejala pada carrier.[31] virus ini menyebabkan infeksi pada bayi dan perkembangan abnormal (penyakit kongenital).[31]
contoh dari virus ini adalah Cytomegalovirus.[31]
3. Gamma Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok ini mampu menyebabkan penyakit limphopoliperatif jinak dan ganas.[31]
contoh dari virus ini adalah Epstein-Barr virus.[31]
Parvoviridae
Parvoviridae merupakan virus dengan DNA utas tunggal polaritas positif atau negatif sehingga termasuk dalam kelas II dalam klasifikasi Baltimore.[32] Virus ini tidak memiliki selubung virus dan merupakan virus manusia yang berukuran paling kecil.[32] Virus merupakan virus yang tidak sempurna sehingga perlu berasosiasi dengan adenovirus sehingga sering disebut Adeno-Associated Virus(AAV).[32] Salah satu contoh kelompok ini adalah virus B-19 yang dapat menyebabkan cacat atau keguguran pada janin.[32]
Poxviridae
Poxviridae merupakan virus dengan materi genetik DNA untai ganda sehingga virus ini di termasuk dalam kelas I dalam klasifikasi Baltimore.[33] Ciri khas dari virus ini adalah virus ini memiliki morfologi besar dan kompleks.[33] Virus yang terkenal dalam kelompok ini adalah Smallpox.[33] Smallpox cukup terkenal karena menimbulkan pandemik yang sangat besar diseluruh dunia.[33] sekarang virus Smallpox sudah dimusnahkan.[33]
Peranan Virus dalam Kehidupan
Beberapa virus ada yang dapat dimanfaatkan dalam rekombinasi genetika.[15] Melalui terapi gen, gen jahat (penyebab infeksi) yang terdapat dalam virus diubah menjadi gen baik (penyembuh).[15] Baru-baru ini David Sanders, seorang profesor ¬biologi pada Purdue's Rchool of Science telah menemukan cara pemanfaatan virus dalam dunia kesehatan.[15] Dalam temuannva yang dipublikasikan dalam Jurnal Virology, Edisi 15 Desember ¬2002, David Sanders berhasil menjinakkan cangkang luar virus Ebola sehingga dapat dimanfaatkan sebagai pembawa gen kepada sel yang sakit (paru-paru).[15] Meskipun demikian, kebanyakan virus bersifat merugikan terhadap kehidupan manusia, hewan, dan tumbuhan.[15]
Virus sangat dikenal sebagai penyebab penyakit infeksi pada manusia, hewan, dan tumbuhan.[15] Sejauh ini tidak ada makhluk hidup yang tahan terhadap virus.[15] Tiap virus secara khusus menyerang sel-sel tertentu dari inangnya. Virus yang menyebabkan selesma menyerang saluran pernapasan, virus campak menginfeksi kulit, virus hepatitis menginfeksi hati, dan virus rabies menyerang sel-sel saraf. Begitu juga yang terjadi pada penyakit AIDS (acquired immune deficiency syndrome), yaitu suatu penyakit yang mengakibatkan menurunnya daya tahan tubuh penderita penyakit tersebut disebabkan oleh virus HIV yang secara khusus menyerang sel darah putih.[15] Tabel berikut ini memuat beberapa macam penyakit yang disebabkan oleh virus.[15]
Selain manusia, virus juga menyebabkan kesengsaraan bagi hewan dan tumbuhan.[15] Tidak sedikit pula kerugian yang diderita peternak atau petani akibat ternaknya yang sakit atau hasil panennya yang berkurang.[15]
Penyakit hewan akibat virus
Penyakit tetelo, yakni jenis penyakit yang menyerang bangsa unggas, terutama ayam. Penyebabnya adalah new castle disease virus (NCDV).[15] Penyakit kuku dan mulut, yakni jenis penyakit yang menyerang ternak sapi dan kerbau.[15] Penyakit kanker pada ayam oleh rous sarcoma virus (RSV).[15] Penyakit rabies, yakni jenis penyakit yang menyerang anjing, kucing, dan monyet, disebabkan oleh virus rabies.[15]
Penyakit tumbuhan akibat virus
Penyakit mosaik, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman tembakau.[2] Penyebabnya adalah tobacco mosaic virus (TMV) Penyakit tungro, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman padi.[2] Penyebabnya adalah virus Tungro.[2] Penyakit degenerasi pembuluh tapis pada jeruk. Penyebabnya adalah virus citrus vein phloem degeneration (CVPD).[2]
Penyakit manusia akibat virus
Contoh paling umum dari penyakit yang disebabkan oleh virus adalah pilek (yang bisa saja disebabkan oleh satu atau beberapa virus sekaligus), cacar, AIDS (yang disebabkan virus HIV), dan demam herpes (yang disebabkan virus herpes simpleks).[34] Kanker leher rahim juga diduga disebabkan sebagian oleh papilomavirus (yang menyebabkan papiloma, atau kutil), yang memperlihatkan contoh kasus pada manusia yang memperlihatkan hubungan antara kanker dan agen-agen infektan.[34] Juga ada beberapa kontroversi mengenai apakah virus borna, yang sebelumnya diduga sebagai penyebab penyakit saraf pada kuda, juga bertanggung jawab kepada penyakit psikiatris pada manusia.[34]
Potensi virus untuk menyebabkan wabah pada manusia menimbulkan kekhawatiran penggunaan virus sebagai senjata biologis. Kecurigaan meningkat seiring dengan ditemukannya cara penciptaan varian virus baru di laboratorium.[34]
Kekhawatiran juga terjadi terhadap penyebaran kembali virus sejenis cacar, yang telah menyebabkan wabah terbesar dalam sejarah manusia, dan mampu menyebabkan kepunahan suatu bangsa.[34] Beberapa suku bangsa Indian telah punah akibat wabah, terutama penyakit cacar, yang dibawa oleh kolonis Eropa.[34] Meskipun sebenarnya diragukan dalam jumlah pastinya, diyakini kematian telah terjadi dalam jumlah besar.[34] Penyakit ini secara tidak langsung telah membantu dominasi bangsa Eropa di dunia baru Amerika.[34]
Salah satu virus yang dianggap paling berbahaya adalah filovirus.[34] Grup Filovirus terdiri atas Marburg, pertama kali ditemukan tahun 1967 di Marburg, Jerman, dan ebola.[34] Filovirus adalah virus berbentuk panjang seperti cacing, yang dalam jumlah besar tampak seperti sepiring mi.[34] Pada April 2005, virus Marburg menarik perhatian pers dengan terjadinya penyebaran di Angola. Sejak Oktober 2004 hingga 2005, kejadian ini menjadi epidemi terburuk di dalam kehidupan manusia.[34]
Diagnosis di laboratorium
Deteksi, isolasi, hingga analisis suatu virus biasanya melewati proses yang sulit dan mahal.[35] Karena itu, penelitian penyakit akibat virus membutuhkan fasilitas besar dan mahal, termasuk juga peralatan yang mahal dan tenaga ahli dari berbagai bidang, misalnya teknisi, ahli biologi molekular, dan ahli virus.[35] Biasanya proses ini dilakukan oleh lembaga kenegaraan atau dilakukan secara kerjasama dengan bangsa lain melalui lembaga dunia seperti Organisasi Kesehatan Dunia (WHO).[35]
Pencegahan dan pengobatan
Karena biasanya memanipulasi mekanisme sel induknya untuk bereproduksi, virus sangat sulit untuk dibunuh.[36] Metode pengobatan sejauh ini yang dianggap paling efektif adalah vaksinasi, untuk merangsang kekebalan alami tubuh terhadap proses infeksi, dan obat-obatan yang mengatasi gejala akibat infeksi virus.[36]
Penyembuhan penyakit akibat infeksi virus biasanya disalah-antisipasikan dengan penggunaan antibiotik, yang sama sekali tidak mempunyai pengaruh terhadap kehidupan virus.[36] Efek samping penggunaan antibiotik adalah resistansi bakteri terhadap antibiotik.[36] Karena itulah diperlukan pemeriksaan lebih lanjut untuk memastikan apakah suatu penyakit disebabkan oleh bakteri atau virus.[36]